| |||||||||||||||||||||||||||||||||
סמינר באלגוריתמים לנתוני ריצוף עמוק
Seminar on Algorithms for Deep Sequencing Data |
0368-4198 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
מדעים מדויקים | |||||||||||||||||||||||||||||||||
|
"טכניקות הדור הבא" בריצוף ד.נ.א. (Next Generation Sequencing ובקיצור NGS) יצרו מהפיכה שהורידה את עלויות הריצוף בפקטור של 10,000 תוך עשור. ניסוי אופייני מייצר 10 – 100 מיליון רצפי ד.נ.א. (אלפא-ביתא של ארבע אותיות) באורך 100-200 כל אחד, המהווים מקטעים מגנום המטרה עם שגיאות. היעילות והמחיר הזול הפכו את NGS לכלי-על המשמש למאות סוגים של מדידות ביולוגיות ורפואיות. על מנת להתמודד עם המסות האדירות, נדרשים אלגוריתמים חזקים ומהירים וקהילת הביואינפורמטיקה בעולם עוסקת בנושא במרץ רב.
בסמינר נלמד כמה מהאלגוריתמים המרכזיים שפותחו בשנים האחרונות לשם ניתוח נתוני NGS. ביניהם: גרף de Bruijn, minimizers, universal hitting sets, Minhash ויישומיהם.
הסמינר אינו דורש ידע מוקדם בביולוגיה. כל הידע הנדרש יוצג בפגישות הראשונות.
הסמינר פתוח לתלמידי תואר שני ולתלמידי תואר ראשון שסיימו בהצלחה את הקורס "אלגוריתמים".