מבחינה אלגוריתמית/מתימטית הסדנה תעסוק בפיתוח תוכנה לפיתרון פאזלים תלת מימדיים, כשתחום האפליקציה הוא ביולוגיה מוליקולרית.
נעסוק במידול במרחב התלת-מימדי של קומפלקסים המורכבים ממספר רב של חלבונים, כאשר נתון מידע מדויק על החלבונים הבודדים, המשתתפים בקומפלקס ומידע ברזולוציה נמוכה על מבנה כל הקומפלקס.
מבחינה מתימטית הבעיה דומה לפיתרון פאזל תלת-מימדי, כאשר ידועות חתיכות הפאזל הבודדות ויש מידע "מטושטש" על המבנה של הפאזל כולו.
מכאן שהאלגוריתמים שנפתח יוכלו להיות מותאמים גם לפיתרון בעיות דומות בראיה ממוחשבת ובגרפיקה, אם כי אנו נתרכז בתחום האפליקציה של ייצוג תלת מימדי של חלבונים.
הסדנא מיועדת לתלמידי התכנית לביואינפורמטיקה ולתלמידי תכניות מדעי המחשב. אין צורך בידע ביולוגי מוקדם. עיקרי הידע הביולוגי הדרוש ודרך תרגומו למבנים גיאומטריים יינתנו במפגשים הראשונים של הסדנא.
צוות הסדנא יציג מספר פרויקטים לבחירה וניתן יהיה גם להציע פרויקט עצמאי לאישור הצוות.
לקראת אמצע הסמסטר כל קבוצה (של כ-3 איש) תגיש לאישורו של צוות הסדנא תכנית מפורטת של הפרויקט שהם מתכננים לבצע
הגשת הפרויקטים תהיה לקראת סוף הקיץ. שפת התכנות המועדפת היא פייתון, אך ניתן יהיה ליישם את הפרויקטים בשפות אחרות, כפוף לאישור.
