אף על פי שמדינת ישראל חתמה על האמנה הבין לאומית בדבר מעמדם של פליטים לפני למעלה מחמישים שנה, האמנה טרם עוגנה בחקיקה פנימית בישראל. רק בשנים האחרונות החלה מדינת ישראל להקים את המנגנונים האדמיניסטרטיביים הנדרשים לטיפול בבקשות למקלט המוגשות בתחומה. התכנית לזכויות פליטים פועלת לקידומה של מערכת מקלט הוגנת בישראל במגוון של דרכים: אנו מייצגים מבקשי מקלט מכל העולם בבקשות פרטניות למקלט מדיני; אנו כותבים ניירות עמדה ומגישים עתירות בנושאים עקרוניים וכן שותפים, ביחד עם ארגונים אחרים של החברה האזרחית, במאמץ לקידום חקיקה. התכנית מזמנת מפגשים ועבודה עם פליטים מכל רחבי העולם, אשר רבים מהם חיים בשולי החברה הישראלית, ללא מעמד חוקי, תוך קשיי קיום יום-יומיים. במסגרת העבודה המעשית מראיינים הסטודנטים והסטודנטיות את הפונים, מנתחים את הפניות לאור דרישות האמנה, ומכינים בקשות למקלט או ערעורים על דחייתן. הם אף מסייעים לעורכי-הדין בתכנית בהכנת כתבי בי-דין, בעיקר במסגרת הגשת עתירות לבתי-המשפט לעניינים מינהליים ולבג"ץ. לשם כך יעברו הסטודנטים והסטודנטיות הכשרה מעשית, שתכלול בחינת אמינות הפונים, התגברות על פערי שפה ותרבות וניתוח התנאים במדינות המוצא של הפליטים. הלימוד התיאורטי יתמקד באמנת הפליטים ויישומה בישראל, ומהווה הזדמנות נדירה לעקוב מקרוב אחר יישומה של אמנת זכויות אדם חשובה על-ידי מדינת ישראל ולבחון את השאלה האם היא אכן מצליחה לספק הגנה לאנשים הזקוקים לה.