הקורס מבקש לטעון ראשית שמשבר המדע והדת מסתכם בהרבה יותר מאשר פערים כאלה או אחרים בין תמונת העולם המדעית, לבין תמונת העולם שאנשים דתיים סבורים שהם מחויבים לה מתוקף דתם (כמו גיל העולם או תורת האבולוציה). הטענה תהייה שהדוגמטיזם, הצייתנות הכנועה, השהיית השיפוט, וקבלת הדין והמרות המאפיינים את הדתות המונותיאיסטיות, נתפסים כעומדים בסתירה חדה לערכי האוטונומיה והאחריות המוסרית האישית של תרבות המדע של הנאורות

טענתו השנייה והמרכזית של הקורס, אשר תתגבש תוך עיון בטקסטים  נבחרים מספרות חז"ל, הנה שהספרות התלמודית - שהיא לכל הדעות הקאנון הפורמטיבי של הדת היהודית - חלוקה בינה לבין עצמה בדיוק בשאלה זאת, וכי קול מרכזי ביותר שלה מציע תפיסת דתיות עימותית (קרי בלתי צייתנית) החפה מכל כניעה וקבלת דין עיוורת. פולמוס הדתיות בספרות חז"ל, כפי שאקרא למחלוקת זאת, קוראת תגר מעניין על תפיסות מקובלות ביחס לתפלה, נבואה, סמכות הלכתית, קאנונית, ועמידה לפני האלוהים.