לינק (iGEM)  עם הסברים:

http://igem.org/Main_Page

https://en.wikipedia.org/wiki/International_Genetically_Engineered_Machine

שם הקורס:

סמסטר א:
פרוייקט בביולוגיה סינטטית, הנדסה תוך תאית ו  iGEM :  חלק א

סמסטר ב:
פרוייקט בביולוגיה סינטטית, הנדסה תוך תאית ו iGEM :  חלק ב

שם הקורס באנגלית:

סמסטר א:

International Genetically Engineered Machine Course A

סמסטר ב:

International Genetically Engineered Machine Course B

מרצה: פרופ'  תמיר טולר (הנדסה ביו-רפואית), ד"ר יוהן אלבז (ביוטכנולוגיה), ד"ר דור סלומון (רפואה).

היקף הקורס: 4 שעות בסמסטר (3 ש' הרצאה ושעת תרגול);קורס לאורך שני סמסטרים; סה"כ 3.5 נק"ז לכל סמסטר, 7 נק"ז שנתיות.

הקורס הינו קורס אוניברסיטאי המתקיים במחלקה להנדסה ביו-רפואית, בפקולטה למדעי החיים, ובפקולטה לרפואה והמיועד לתלמידים בשנת הלימודים האחרונה של התואר הראשון מכל הפקולטות באוניברסיטה או לסטודנטים מתואר שני (כלומר קורס רמה מקבילה), בעלי ממוצע ציונים 88 ומעלה. הקבלה מבוססת על ראיון אישי ואישור המנחה (לסטודנטים מתואר שני).  

דרישות הקורס:

סמסטר ראשון:

הצעת הפרויקט 17.5% מהציון

כתיבת סקר ספרות  17.5%מהציון

הצגת הצעת פרוייקט 17.5% מהציון

הערכת מנחה (עצמאות, יצירתיות, מוטיבציה, השקעה וכו) 17.5% מהציון

מבחן: 30% מהציון

סמסטר שני:

הצגה של הפרויקט ( פוסטר, אתר הפרויקט הכולל מחברת מעבדה, פרטים ניסיוניים וחישוביים, תוצאות ופרזנטציה) 50%

הערכת מנחה (עצמאות, יצירתיות, מוטיבציה, השקעה וכו)  50%

אחרי הסמסטר הראשון ינתן ציון שמהווה 4 נקודות  (כלומר 50%) מהמשקל על סמך הדרישות המפורטות למעלה. רק סטודנטים שיסיימו את הסמטר הראשון בציון מעל 58 יתקבלו לחלק השני של הקורס (סמסטר שני).

סילבוס:

ביולוגיה סינתטית היא תחום שמשלב ביולוגיה מולקולרית והנדסה ועוסקת בעיצוב ובנייה של מתקנים ומערכות ביולוגיות תוך תאיות למטרות שימושיות. התחום כולל בין השאר הנדסה של החומר הגנטי של יצורים שונים ווירוסים לקבלת יצורים עם תכונות רצויות כגון תאים שעושים חישובים, חיידקים שמשמים להחדרת תרופות, וירוסים שתוקפים סרטן וכו.

iGEM זו תחרות בינלאומית בתחום של ביולוגיה סינטטית שבה מאות קבוצות מרחבי העולם מתחרות על פרוייקטים שהם פיתחו.

הקורס הינו פלטפורמה חדשה המאפשרת לסטודנטים לנהל מחקר באופן עצמאי בנושא של ביולוגיה סינטטטית. החל מבחירת נושא המחקר שיכול להיות שאלת מחקר בסיסית או רעיון בעל השלכות יישומיות, וכולל תהליך של בחירת הניסויים ותכנונם, בחירת המודלים ההנדסיים, התאמת הניסויים לכלים הנמצאים בידינו, ניהול המחקר על ידי דיונים ופתרון בעיות, הערכת סיכונים, כתיבת הצעת מחקר, כתיבת סיכומים והסקת מסקנות.

מטרת הקורס לשלב שיטות חישוביות, הנדסיות, וניסוייות על מנת לפתור בעיות או ליצור מערכות בביולוגיה סינטטית.

 במהלך הקורס הסטודנטים יעברו הרצאות בנושא, יעלו את המידע הניסיוני שלהם לאתר הפרויקט שיתנהל באתר תחרות ה-iGEM, ישלחו את רצפי ה-DNA  הרלוונטיים שלהם למארגני התחרות בתור BioBricks, וינגישו את הפרויקט לציבור הרחב דרך מגוון פלטפורמות חברתיות. הסטודנטים ינהלו את קבוצת המחקר שלהם בעצמם ויצרו קשרים מדעיים עם חוקרים שונים בארץ ובעולם. הסטודנטים ינגישו וישווקו את מחקרם בסיוע אנשי שיווק. בסיומו של הקורס הסטודנטים (כולם או חלקם) ייסעו לתחרות בינלאומית המתקיימת בבוסטון, ארה״ב, שם יציגו את הישגיהם ויתחרו עם קבוצות מכל העולם בקטגוריות השונות והרלוונטיות.

דוגמאות לפרוייקטים וכיווני מחקר:

פיתוח מבני נתונים תוך תאיים לביצוע חישובים על ידי תאים.

תאים שעושים חישובים שונים.

תאים שמשמשים כחיישנים.

תאים המשמשים להחדרת תרופות.

פיתוח שיטות חישוביות\ניסוייות ליצירת וירוסים אונקוליטיים.

פיתוח "מעגלים" תוך תאיים שכותבים אינפורמציה לDNA של בקטריות בתגובה לארועים שונים.

פיתוח תאים עם תכונות חדשות (למשל קצב גידול מהיר, יצור של מטאבוליטים שונים, יצור מימן וכו).

תוכנית מפורטת:

סמסטר ראשון:

מס' שיעור

נושא השיעור

1

הצגת מבנה הקורס ותחרות iGEM

2

מבוא לביולוגיה סינטטית

3

מבוא לשיטות בביולוגיה מולקולרית,
ביוכימיה, ועבודה עם חיידקים.

4

מבוא לשימוש בביולוגיה חישובית וביולוגיה של מערכות

5

כלים מעשיים בביולוגיה סינטטית

6

הצגת פרויקטים זוכים ב-iGEM קודמים

7

הצגת פרויקטים זוכים ב-iGEM קודמים

8

הצגת רעיונות לפרויקט iGEM של אוניברסיטת ת"א

9

הצגת רעיונות לפרויקט iGEM של אוניברסיטת ת"א

10

בחירת נושא הפרויקט לתחרות, חלוקת
תפקידים וחלוקה לצוותים.

11

תכנון שלבי ביצוע הפרויקט הנבחר

12

מעבדה – כלים בסיסיים בביולוגיה מולקולרית לצורך הפרויקט הנבחר

13

מעבדה חישובית -- כלים חישוביים בביולוגיה סינטטית

סמסטר שני: עבודה אינטסיבית על הפרוייקט על סמך תוכנית עבודה שתוגדר בתחילת הסמסטר. בין השאר בכל שבוע תהיה פגישה בה הסטודנטים יציגו בפירוט את ההתקדמות שלהם.